De medezeggenschapsraad(MR) is het wettelijk orgaan voor inspraak en medebestuur in het onderwijs. Elke school moet een MR hebben. De Wet Medezeggenschap Scholen(WMS) regelt de samenstelling, taken en bevoegdheden van de raad. De MR mag met het bevoegd gezag alle onderwerpen bespreken die de school betreffen en heeft daarbij recht op alle informatie die voor het uitoefenen van zijn taken nodig is. De belangrijkste taak van de raad is een klimaat van openheid, openbaarheid en onderling overleg te scheppen en in stand te houden.
Voor zeer veel besluiten heeft het schoolbestuur instemming of advies van de gehele Medezeggenschapsraad nodig, of instemming dan wel advies van een geleding (ouders, personeel of leerlingen) nodig, voordat besluiten rechtsgeldig kunnen worden uitgevoerd. De oudergeleding van de Medezeggenschapsraad heeft
instemmingsrecht over onder meer de hoogte en besteding van de vrijwillige ouderbijdrage en de vaststelling van de onderwijstijd. Instemming van de gehele MR (personeel, ouders én leerlingen) is vereist voor bijvoorbeeld vaststelling of wijziging van het schoolplan. Adviesrecht heeft de gehele MR bij vaststelling of wijziging van het meerjarig financieel beleid, maar bijvoorbeeld ook bij vaststelling of wijziging van beleid met betrekking tot het toelaten of verwijderen van leerlingen. De MR op het Karel de Grote College is eigenlijk een Deelmedezeggenschapsraad(DMR). De raad maakt deel uit van de Gemeenschappelijke Medezeggenschapsraad(GMR) waarin ook de MR van het Eindhovense Novalis College en de MR van Stichtse Vrije School in Zeist zitting hebben. Dit omdat de drie scholen tevens een bestuurlijke eenheid vormen.